يُقال إن اسم باكو يُشتقّ من الكلمة الفارسية “بادكوبه” (Bâd-kube)، والتي تعني “مدينة تضربها الرياح”. تُعرَف باكو أيضاً بـ”مدينة الرياح” (بالأذرية: Küləklər şəhəri). هناك فرضيات أخرى تشير إلى أصول أخرى مثل “جبل الله” (Baghkuh) أو “مدينة” (Bagh-Kuy). يُرجح بعض الباحثين أصلًا تركيًا بمعنى “تل”.

يعود تاريخ باكو إلى القرن السادس الميلادي، لكن السجلات التاريخية المكتوبة بدأت من عام 885 م. شهدت المدينة مراحل مهمة، منها كونها عاصمة خانات شروان، ثم حصارها من قبل شاه إسماعيل الأول. خلال فترة تاريخها، كانت باكو محاطة بسور حصين، وخندق واسع. استولت عليها القوات الصفوية في عام 1540، ودمرها شاه عباس الأول في 1604.

شهدت باكو أيضًا احتلالًا روسيًا في عام 1723، وعادت للسيطرة الروسية في عام 1796. انتهت فترة الحروب العسكرية بين روسيا وإيران بمعاهدة جليستان عام 1813 التي ضمت باكو إلى روسيا.

تُعتبر باكو من أهمّ مدن إنتاج النفط في العالم، حيث بدأت استكشافات النفط على نطاق واسع في 1872. ازدهرت صناعة النفط في باكو، مما ساهم في بناء اقتصادها المتين.

شهدت المدينة أحداثًا تاريخية مهمة، مثل ثورة أكتوبر عام 1917 وتأسيس جمهورية أذربيجان الديمقراطية عام 1918. خضعت باكو لحقب مختلفة من الحكم والسيطرة.